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Es de mencionarse que no corresponde la interpretación de “lugar de cebollas” al significado original del nombre, ya que esos tubérculos fueron traídos precisamente por los conquistadores, con lo cual resultaría ilógica la interpretación dada, aclaremos esto con el hecho de que existe en los campos y cerros de estos lugares una especie de jícama o “cebollita” (como comúnmente se le conoce en la región) la cual sería en realidad la causante del nombre.

El escritor jalisciense Juan José Arreola nos descifra el nombre como “lugar de buenas cebollas”.

Aun cuando el significado anterior es el más apegado a las raíces indígenas, ya que el jeroglífico del mismo se ha localizado en diversos escritos, y es el mismo que puede verse en el centro del escudo del municipio, existen otras versiones tales como “lugar de mariposas”, nombre que derivaría de “Papantl”, mariposa (por el cerro mayor que domina el paisaje: “El Papantón). Y aún otro que nos da el maestro José Muro Ríos cuyo significado se derivaría de la siguiente manera: Juanacatlán, nombre castellanizado por los conquistadores, de raíz nahuátl que significa “Lugar del árbol Cauhnacaztli” o “árbol de oreja o parota”, botánicamente “Esterolodrium”.

Los primeros pobladores de la región pertenecen a las tribus cocas, las cuales se mezclaron con algunas de origen probablemente nahuátl, ya que este territorio se encuentra dentro de las rutas tomadas hacia el Valle de México, (s. XII), incluso, el nombre original de la población es de origen nahuátl. Algunas familias fueron quedándose en un lugar denominado La Miseria, a un kilómetro del actual poblado.

En su inicio la región de Xonacatlan, es parte del reino de Tololotlán en la época prehispánica, quien a su vez era feudataria de Tonalá, uno de los cuatro reinos que algunos historiadores denominaron como federación Chimalhuacana.

En el año de 1529, Nuño de Guzmán llega a estos lugares conquistando los reinos de Tonalá y Xalisco, y a fines de marzo de 1531 presentan una resistencia aislada, y un poco tardía, los pueblos de Coyula, Juanacatlán, Tatepozco y Tololotlán (ya que las poblaciones eran demasiado pequeñas) en terrenos de Arroyo de en medio, resultando derrotados y sometidos, después de lo cual pasan a su poder hasta su muerte. El 25 de marzo de 1530 Nuño de Guzmán toma posesión oficial de este territorio a nombre del monarca español.

En el año de 1531 inician las evangelizaciones en la región a cargo de las órdenes de San Agustín y San Francisco.

Los naturales de la región pertenecientes a Xonacatlán fueron convertidos y evangelizados en la fe cristiana por los religiosos de la orden de San Francisco: Fray Antonio de Segovia, Fray Juan de Padilla, Fray Andrés de Córdoba y Juan de Badillo, a partir de 1531, año en que el Padre Segovia fundó el convento de la Señora de la Asunción en Tetlán, cerca de la Guadalajara de hoy.

En el año de 1537, y de acuerdo con las ordenanzas que daban a los españoles el derecho sobre las tierras y los naturales conquistados, Cristóbal de Oñate otorga las encomiendas a Juan de Saldívar. Las escrituras fueron otorgadas por el gobernador de la Nueva Galicia Don Francisco Vázquez de Coronado a Juan de Saldívar, en Compostela, después de que Juan de Oñate decide emigrar al Perú.

En el año de 1556 se inician los viajes de exploración y aparece por primera vez en “Navigationne et Viagge” de Ramunzio, una de las hermosas descripciones sobre la gran caída de agua que se encontraba en la entrada de la población.

En 1572 el Cura Lázaro Vallejo es el encargado de evangelizar los pueblos de la encomienda del Sr. Juan de Saldívar.

En 1582 se realiza la fundación de Mexicaltzingo y del convento de Guadalajara, pasando la evangelización a dichas corporaciones. El cronista Fray Diego de Muñoz hace una descripción del río Lerma.

Solicitud hecha al Dr. Santiago Vera, por Juan de Saldívar Mendoza, con peritaje de Pedro de la Cueva (...) “Alcalde Mayor del Fuerte de San Lorenzo de los Reyes y Corregidores del pueblo de Poncitlán” (...) de las demasías y obras en los terrenos que (...) “en términos de Santa fe y Sacatlán y Jonacatlan Teocaltitlan y Zapotlanejo ocho sitios de estancias que se nombran potrero y linda de ellos veinte y cuatro caballerías de tierra”, (...) concedida el siete de mayo de 1602, firmado Vera ante el escribano Pedro de la Plaza (Sr. Ing. D. Ricardo Lancaster Jones).

En real audiencia realizada el 30 de febrero de 1606 se otorga un Mayorazgo a Diego de Porres, al cual, de acuerdo al mandamiento acordado por el Sr. Presidente de la Real Audiencia Don Alonso Pérez Mechana, se le otorgaba (...) “un sitio de estancia para ganado menor y cinco caballerías de tierra en jurisdicción del pueblo y Valle de Santa Feé, entre este y el de Juanacatlán”.

Con la llegada de Porres Baranda el asentamiento original indígena que se encontraba cerca de un ojo de agua denominado “La Miseria” se cambió hasta donde hoy se encuentra la población, Porres Baranda introdujo el cultivo de la caña de azúcar, el trigo y la ganadería, lo mismo que los primeros caballos y burros, ya que éstos se podían alimentar con lo mismo que producía.

Las primeras familias de origen español fueron las de apellido Baltazar, Bricio, Briseño, Velázquez, Cortés, Pérez, Suárez, Graciano y de la O, de procedencia extranjera, además de las nativas. Es en esta época que pasa a ser dependencia de Zapotlanejo.

La primera piedra se colocó en el centro de la población, agregándosele una cruz esculpida en cantera de 2,5 m de altura la cual aún se encuentra en la entrada de la iglesia. Esta cruz se halla asentada sobre una base en forma de pirámide cuadrangular, añadida después, y en cada cara tiene las siguientes inscripciones: 1662 “Bajo el reinado de Carlos IV, se fundó esta población siendo virrey de la Nueva España Don Juan de Leyva y de la Cerda y Gobernador del reyno de la Nueva Galicia el Oidor decano Lic. Don Jerónimo de Aldraz”.

La fundación se hizo siendo virrey de la Nueva España Don Juan de Leyva y de la Cerda, marqués de Leyva y conde de Baños; Gobernador del Reyno de la Nueva Galicia el Oídor Decano Lic. Don Gerónimo de Aldráz y bajo el reinado de Felipe IV (1621-1665) y no de Carlos IV como comúnmente se cree.

De esta última fecha al año de 1800, Juanacatlán forma parte de encomiendas y pleitos entre familias españolas por los beneficios agrícolas que la cercanía del río se encarga de mantener.

La construcción de la Basílica Lateranense termina el 7 de julio de 1680, por lo tanto la Doctrina de Xonacatlán fue de las primeras que en el siglo XVI se entregaron a la administración del clero Secular del Obispado de la Nueva Galicia. Mota Padilla en el año de 1742 hace alusión de que el Rey de España pagaba los salarios de la Real Caja a los curas de Tepetitlán, Xalostotitlán, Chimaltitlán, Tzapopan, Coatlán, Xonacatlán y Xalapa entre otros.

En 1825 estaba subordinado al ayuntamiento de Zapotlanejo, y desde esa fecha perteneció al 1.er. Cantón de Guadalajara. En 1890 era comisaría de elección popular del municipio de Zapotlanejo.

Por decreto número 832, publicado el 19 de diciembre de 1898, se erigió Juanacatlán en municipio, es entonces cuando el progreso parece llegar en forma de factorías: un pequeño ingenio y una fábrica de harina, las cuales se encontraban al lado opuesto de Juanacatlán en la hacienda de Jesús María cuyo origen se remonta hacia el 1818. En este mismo lugar se instala en el Salto de Juanacatlán (la caída de agua) la primera planta hidroeléctrica de la República Mexicana, una de las más importantes del país, tres años después, en 1896, se inicia la construcción de la fábrica de hilados y tejidos de algodón junto a la hidroeléctrica, siendo para 1896 con la separación del cantón de Tepic (convertida en entidad federal) una de las seis fábricas textileras con las que contaba el Estado de Jalisco. La población que inició la nueva colonia Industrial Río Grande (El Salto), trajo como consecuencia la separación de éste y Juanacatlán.

El 18 de enero de 1911 se levantaron en armas algunos vecinos encabezados por Eulalio Graciano, Tranquilino Hernández, etc. en protesta por el fraude cometido por el Gobierno en 1910, con motivo de la séptima reelección del dictador Díaz, en las elecciones de julio, estos fueron licenciados con el grado de Capitanes durante el régimen del Sr. Madero. En estos días ocupó este pueblo un revolucionario Maderista de nombre Cleofas Mota, quién salió de aquí para ser derrotado cerca de la ranchería de la Laja delante de Puente Grande.

El 14 de julio de 1914, revolucionarios constitucionalistas al mando de Nicolás Barajas atacaron al destacamento Huertista de El Salto, durante esta contienda fue incendiado el “Gran Molino Germannia” (Del Sagrado Corazón) propiedad de los hermanos Collignton, ubicado en la cabecera del puente. El día 7 de julio de ese mismo año, fue atacado El Salto por fuerzas revolucionarias en gran número, al mando del General Ramón Sosa, perteneciente a la división de la Caballería del Cuerpo del Ejército del Nor-Oeste, al mando del Gral. Lucio Blanco, los cuales después de exterminar el destacamento federal, al mando del Capitán Campillo, pernoctaron algunos en Juanacatlán y otros en El salto. Una de las vecinas heridas en esta ocasión fue la Sra. Leandra Cortés, hermana del Sr. Julián Cortés, maestro reconocido de esta localidad.

El 8 de julio tuvo lugar la famosa batalla de El Castillo, a cinco kilómetros de esta población, librada entre las fuerzas del General Lucio Blanco y los federales huertistas al mando del Gral. José María Mier, Gobernador del Estado y del Gral. Manuel Bernardo, Sub–Jefe de la zona militar, quienes murieron en el combate dentro de la finca de la Hacienda de El Castillo.

Las demás acciones militares de que se tienen referencia son aquellas en las cuales aparecen los primeros cristeros, siendo motivo de pugna entre las poblaciones de El Salto y Juanacatlán, ya que los primeros como obreros y pertenecientes al entonces incipiente partido Rojo, pusieron oposición, hasta lograr su separación del municipio de Juanacatlán.

En el año de 1915 mueren en una emboscada a orillas del pueblo el C. Donato Graciano, presidente municipal y otra persona a causa de las cuestiones ideológicas mencionadas anteriormente (deseo de separación), los responsables fueron José y Jesús Orozco, reaccionarios clericales, acompañados de otros individuos, quienes los atacaron sin darles tiempo a que se defendieran.

A la par de este hecho sucede la famosa “Serenata Sangrienta” protagonizada por varios oficiales del estado mayor del Gral. Félix Barajas, vecino de la ranchería de La Laja, como resultado de la misma murió uno de los agresores, otro fue herido; muriendo también Tranquilino Zaragoza y el Lugarteniente Tranquilino Torres (quien actuaba como comandante de la policía en Juanacatlán), vecino de la población, en el momento de repeler la agresión.

El 24 de febrero de 1917 llega a la estación de El Castillo, el Sr. Don Venustiano Carranza.

Al inicio de la Cristiada se levantaron en este pueblo por lo menos 20 vecinos, junto con otros 10 de El Salto, de los cuales algunos sobrevivieron. Al Sr. Gabino Flores le tocó operar por los pueblos cercanos como: Zapotlanejo, Milpillas, Santa Fe, Zapotlán del Rey, Atotonilco y hasta Tepatitlán y Tototlán.

El 17 de abril de 1927 entraron a El Salto cruzando el Río Santiago, asesinando al lisiado ex capitán federal Luis Anduiza, en la ranchería de Juanacaxtle.

Ya en El Salto, buscaron a los directivos sindicales de la fábrica y a los miembros del comisariado Ejidal, los cuales se pusieron a salvo amparados por un pequeño destacamento Federal que se batió en retirada. Sólo tuvieron unas cuantas horas... las suficientes para incendiar las valijas tricolores del correo (salvándose el Administrador C. Tobías Valdés de ser ejecutado), saquearon la Tienda Grande, la Cooperativa de los obreros, quemando la Biblioteca por “contener literatura Marxista”, no cometiendo peores desmanes por que lo evitó el Capitán Cristero Santiago Calvillo, antiguo vecino y obrero de la fábrica.

Hubo una batalla de importancia entre cristeros y fuerzas gubernamentales en el mes de marzo de 1929, la que se libró en la población de Juanacaxtle y de la que aún quedan algunos sobrevivientes, ésta fue una de las últimas campañas que realizaron, la otra fue la quema del archivo municipal por los seguidores de la revuelta, motivo que obscureció los conocimientos culturales e históricos que pudieron haberse conservado.

Con este poderoso motivo es quitada la vía que comunicaba a la población con la capital del Estado, la cual llegaba hasta el entonces joven barrio de La Playa. A partir de junio de ese mismo año comenzaron a rendirse los diversos grupos que operaron por esta región al mando de Gavino Flores, coronel cristero que comprendió que jamás derribarían por la fuerza al gobierno constituido legalmente.

En el ataque a Juanacatlán, éste fue defendido por un regimiento federal con frente en el puente, auxiliado por agraristas de El Castillo y la defensa Social de El Salto (obreros de la fábrica textil), encabezando Manuel Orozco con Isidoro Vázquez, se sostuvieron heroicamente con la ayuda de dos aviones del gobierno, en tanto que en el Puente Grande, se encontraban Quirino Navarro y Rosario de Orozco, unidos al regimiento del General Miguel Hernández y su regimiento, en cuanto a los aviones, uno de ellos fue alcanzado por el fuego de un francotirador vecino de Juanacatlán yendo a caer en llamas al aeropuerto militar de Guadalajara.

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